LaTeX/Хемијска графика

Извор: Викикњиге
Иди на навигацију Иди на претрагу
LaTeX logo.svg

LaTeX

Почетак
  1. Увод100% завршен  Dec 13, 2015
  2. Инсталација100% завршен  Dec 13, 2015
  3. Инсталација додатних пакета 100% завршен  Dec 13, 2015
  4. Основе 100% завршен  Dec 13, 2015
  5. Како пронаћи помоћ 100% завршен  Dec 13, 2015

Заједнички елементи

  1. Структура документа 100% завршен  Dec 28, 2015
  2. Форматирање текста 100% завршен  Dec 27, 2015
  3. Форматирање параграфа 100% завршен  Јан 02, 2016
  4. Боје 100% завршен  Jan 10, 2016
  5. Слова100% завршен  Jan 10, 2016
  6. Структура листи 100% завршен  Jan 10, 2016
  7. Посебни знакови 100% завршен  Jan 10, 2016
  8. Интернационализација 100% завршен  Jan 10, 2016
  9. Ротација 100% завршен  Jan 10, 2016
  10. Табеле 100% завршен  Jan 10, 2016
  11. Стварање наслова 100% завршен  Jan 10, 2016
  12. Распоред стране 100% завршен  Jan 10, 2016
  13. Увоз графике 100% завршен  Jan 10, 2016
  14. Фигуре и натписи100% завршен  Jan 10, 2016
  15. Фусноте и Маргине100% завршен  Jan 10, 2016
  16. Хиперлинкови 100% завршен  Jan 10, 2016
  17. Ознаке и референцирање100% завршен  Jan 10, 2016

Механика

  1. Грешке и упозорења 75% завршен  Јан 02, 2016
  2. Дужине 100% завршен  Јан 02, 2016
  3. Бројачи 100% завршен  Јан 02, 2016
  4. Кутије 100% завршен  Јан 02, 2016
  5. Правила и носачи 100% завршен  Јан 02, 2016

Технички текстови

  1. Математика100% завршен  Jan 10, 2016
  2. Напреднија математика 75% завршен  Jan 10, 2016
  3. Теореме
  4. Хемијска графика 75% завршен  Јан 02, 2016
  5. Алгоритми 75% завршен  Јан 02, 2016
  6. Листирање изворног кода 100% завршен  Јан 02, 2016
  7. Лингвистика 75% завршен  Јан 02, 2016

Посебне стране

  1. Индексирање 75% завршен  Јан 02, 2016
  2. Речник 75% завршен  Јан 02, 2016
  3. Управљање библиографијом‎ 75% завршен  Jan 10, 2016
  4. Више библиографије

Посебни документи

  1. Писма 50% завршен  Јан 02, 2016
  2. Презентације 75% завршен  Јан 02, 2016
  3. Учитељски део 75% завршен  Jan 10, 2016
  4. Кратка биографија 50% завршен  Јан 02, 2016

Креирање графика

  1. Представљање процедуралних графика 100% завршен  Јан 02, 2016
  2. МетаПостови 0% завршен  Јан 02, 2016
  3. Слика 50% завршен  Јан 02, 2016
  4. PGF/TikZ 25% завршен  Јан 02, 2016
  5. PSTricks 50% завршен  Јан 02, 2016
  6. Xy-pic 25% завршен  Јан 02, 2016
  7. Прављење 3D графикa 75% завршен  Јан 02, 2016

Програмирање

  1. Макрои 100% завршен  Jan 10, 2016
  2. Обичан ТеХ‎ 100% завршен  Jan 10, 2016
  3. Креирање пакета 100% завршен  Jan 10, 2016
  4. Теме 75% завршен  Jan 10, 2016

Разно

  1. Модуларни Документи 100% завршен  Jan 10, 2016
  2. Заједничко писање LaTeX докумената 75% завршен  Jan 10, 2016
  3. Отпремање у друге формате 100% завршен  Jan 10, 2016

Помоћ и препоруке

  1. Најчешће постављана питања 100% завршен  Jan 10, 2016
  2. Савети и трикови 75% завршен  Jan 10, 2016

Додаци

  1. Аутори 0% завршен  Jan 10, 2016
  2. Линкови 0% завршен  Jan 10, 2016
  3. Ознаке пакета 0% завршен  Jan 10, 2016
  4. Примери LaTeX докумената 0% завршен  Jan 10, 2016
  5. Индекс 0% завршен  Jan 10, 2016
  6. Речник наредби 0% завршен  Jan 10, 2016

chemfig је пакет који се користи за цртање 2D хемијских структура. Он је алтернатива пакету ochem. Где ochem захтева Perl за цртање хемијских структура, chemfig користи tikz пакет. chemfig се користи тако што се у преамбулу дода следеће:

\usepackage{chemfig}

Основна примена[уреди]

Примарна команда која се користи у овом пакету је \chemfig{}:

\chemfig{<atom1><bond type>[<angle>,<coeff>,<tikz code>]<atom2>}

<angle> је угао између два атома (или чвора). Постоје три типа углова: апсолутни, релативни, и одређени. Апсолутни углови дају прецизне углове (обично, 0 до 360, мада могу да буду и негативни),и приказани су синтаксом [:<absolute angle>]. Релативни углови захтевају синтаксу [::<relative angle>] и продукују угао релативан претходној вези. Коначно, одређени углови су цели бројеви од 0 до 7 тојест интервали од 45 степени. Они се праве помоћу синтаксе [< predefined angle>]. Одређени углови and и њихови одговарајући апсолутни углови су приказани у дијаграму испод.



\chemfig{(-[:0,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}0)
(-[1]1)(-[:45,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}45)
(-[2]2)(-[:90,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}90)
(-[3]3)(-[:135,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}135)
(-[4]4)(-[:180,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}180)
(-[5]5)(-[:225,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}225)
(-[6]6)(-[:270,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}270)
(-[7]7)(-[:315,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}315)
-0}

Chemfig angles.png


<тип везе> описује везу која држи <atom1> и <atom2>. Постоје 9 различитих типова веза:


\chemfig{A-B}\\
\chemfig{A=B}\\
\chemfig{A~B}\\
\chemfig{A>B}\\
\chemfig{A<B}\\
\chemfig{A>:B}\\
\chemfig{A<:B}\\
\chemfig{A>|B}\\
\chemfig{A<|B}\\

Chemfig bonds.png


<coeff> претставља фактор за који ће се дужина везе увећавати .

<tikz code> укључује додатне опције које се односе на боју и стил везе.


Молекул метана, на пример, може се направити на следећи начин:


\chemfig{C(-[:0]H)(-[:90]H)(-[:180]H)(-[:270]H)}

Methane chemfig.png


Линеарни молекули (као што је метан) су слаб пример овога, али молекули у chemfig се праве помоћу умрежавања(nesting).

Скелетни диjаграми[уреди]

Скелетни диjаграми се могу правити на следећи начин:


\chemfig{-[:30]-[:-30]-[:30]}

Butane-skeletal.png


\chemfig{-[:30]=[:-30]-[:30]}

Skeletondiagram2.png

Прстенови[уреди]

Прстенови се праве помоћу синтаксе <atom>*<n>(code), где "n" представља број страна у прстену а "code" представља специфичан садржај сваког прстена (везе и атоми).

\chemfig{A*6(-B-C-D-E-F-)}

Ring chemfig.png

\chemfig{A*5(-B-C-D-E-)}

Ring2 chemfig.png

\chemfig{*6(=-=-=-)}

Ring3 chemfig.png

\chemfig{**5(------)}

Ring4 chemfig.png

Луисове структуре[уреди]

Луисове структуре се праве помоћу синтаксе \lewis{<n1><n2>...<ni>,<atom>}, где је <ni> број између 0 и 7 и представља позицију електрона. У основном случају, електрони се представљају (-). Додавањем (.) или (:) после броја приказиваће усамљене или спарене електроне респективно.

\lewis{0.2.4.6.,C}

Carbon Lewis Structure PNG.png


луисове структуре можемо убацити и у оквиру \chemfig{}.


\chemfig{H-[:52.24]\lewis{1:3:,O}-[::-104.48]H}

H2O Lewis Structure PNG.png

Јони[уреди]

На пример, јон ацетата:

\chemfig{-(-[1]O^{-})=[7]O}

Acetate-ion2.png

Из разлога што chemfig команде користе math mode, наелектрисање јона се може додати користећи superscripts (једно упозорење: негативни јон захтева да се знак минус пише у заградама, као у примеру).

Наелектрисање јона се може заокружити користећи \oplus и \ominus:

\chemfig{-(-[1]O^{\ominus})=[7]O}

Acetate-ion.png

Алтернативно, наелектрисања се могу поставити изнад јона са \chemabove{}{}:

\chemfig{-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}(=[1]O)-[7]O^{\ominus}}

Ion-example.png

Структуре за резонанцију и формално наелекртисање[уреди]

Структуре резонанције захтевају неколико математичких команди:

% see "Advanced Mathematics" for use of \left and \right
% add to preamble:
%	\usepackage{mathtools}	% \Longleftrightarrow
$\left\{\chemfig{O-N(=[:60]O)-[:300]O}\right\}
\Longleftrightarrow 
\left\{\chemfig{O=N(-[:60]O)-[:300]O}\right\} 
\Longleftrightarrow 
\left\{\chemfig{O-N(-[:60]O)=[:300]O}\right\}$


Хемијске реакције[уреди]

Команде \chemrel и \chemsign су обрисане из chemfig пакета у последњој верзији, па тако за цртање хемијских реакција у претходној верзији, морало се користити преспективно \arrow и \+ команде у блоку окружене са \schemestart и \schemestop.

Постоји неколико типова стрелица које се могу нацртати са \arrow командом:

{{LaTeX/Пример|code= \schemestart A\arrow{->}B\schemestop\par % by default \schemestart A\arrow{-/>}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{<-}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{<->}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{<=>}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{<->>}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{<<->}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{0}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{-U>}B \schemestop\par \schemestart A\arrow[,,->] B\arrow[,,-{Triangle[slant=0.5,blue,width=10pt]}] C\arrow[,,-{CF[sharp]}] D \+ E \schemestop |render=Exemples de l'instruction \arrow et \+ du paquet chemfig en \LaTeX}}

За више информација о \arrow команди и хемијским реакцијама у chemfig уопште, погледајте the Part IV "Reaction schemes" на chemfig documentation file.

Старије верзије[уреди]

Хемијске реакције се могу направити помоћу следеће команде:

\chemrel[<arg1>][<arg2>]{<arrow code>}
\chemsign+	% produces a +

У \chemrel{}, <arg1> и <arg2> представљају текст изнад и испод стрелице, респективно.

Постоје четири типа стрелица које се могу направити помоћу \chemrel{}:

A\chemrel{->}B\par 
A\chemrel{<-}B\par 
A\chemrel{<->}B\par 
A\chemrel{<>}B

Именовање хемијских графика[уреди]

Молекуле можемо именовати следећом командом

\chemname[<dim>]{\chemfig{<code of the molecule>}}{<name>}

<dim> се убацује између доње стране молекула и горње стране имена дефинисаног са <name>. Оно је у основи 1.5ex .

<name> ће бити центрирано у зависности од молекула који описује.

\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic acid} 
\chemsign{+} 
\chemname{\chemfig{R’OH}}{Alcohol} 
\chemrel{->} 
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR’)=[:30]O}}{Ester} 
\chemsign{+} 
\chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}

у реакцији изнад, \chemname{} убацује 1.5ex плус дубина молекула карбоксилне киселине између сваког молекула, и њихових респективних имена. Ово се дешава зато што график првог молекула у реакцији (карбоксилна киселина) се протеже дубље него остали молекули. Другачије резултате би добили када би ставили алкохол на прво место:

\chemname{\chemfig{R’OH}}{Alcohol} 
\chemsign{+} 
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic acid} 
\chemrel{->} 
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR’)=[:30]O}}{Ester} 
\chemsign{+} 
\chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}

Ово се поправља додавањем \chemnameinit{<deepest molecule>} пре прве инстанце од \chemname{} у реакцији и додавањем \chemnameinit{} после реакције:

\chemnameinit{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}} 
\chemname{\chemfig{R’OH}}{Alcohol} 
\chemsign{+} 
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic acid} 
\chemrel{->} 
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR’)=[:30]O}}{Ester} 
\chemsign{+} 
\chemname{\chemfig{H_2O}}{Water} 
\chemnameinit{}

На крају, додавањем \\ у <name> проузроковаће прекид линије, што ће омогућити имену да се протеже неколико линија.

Напредна графика[уреди]

За напредне команде и примере, посетите chemfig manual,где можете пронаћи темељнија и комплетнија објашњења .


Пакет mhchem[уреди]

mhchem је пакет за куцање хемијских формула и једначина. Као и 2D структура. Да бисте користили овај пакет, додајте следеће команде у преамбули:

\usepackage[version=3]{mhchem}

Хемијски типови се укључују командом \ce. На пример


\ce{3H2O} \\
\ce{1/2H2O} \\
\ce{AgCl2-} \\
\ce{H2_{(aq)}} \\

Неколико ствари је већ укуцано; 2 in \ce{H2O} аутоматски је subscript-ован без додатних команди . Број типова претходи формули. 1/2 као и други разломци су атоматски унети као у \ce{1/2H2O}. Наелектрисање у \ce{AgCl2-} је аотоматски superscript-овано. Ако наелектрисање није 1 или -1, ^ ће га superscript-овати , као у \ce{AgCl2-}. Фаза није аутоматски superscript-ована и мора се затворити заградама и претходити са _ као у \ce{H2_{(aq)}.

Пакет XyMTeX[уреди]

Следећи код репродукује слику испод corticosterone .

\documentclass{letter}
\usepackage{epic,carom}
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\begin{picture}(1000,500)
   \put(0,0){\steroid[d]{3D==O;{{10}}==\lmoiety{H$_{3}$C};{{13}}==\lmoiety{H$_{3}$C};{{11}}==HO}}
   \put(684,606){\sixunitv{}{2D==O;1==OH}{cdef}}
\end{picture}
\end{document}
Corticosterone as rendered by XyMTeX
Претходно: Теореме Индекс Следеће: Алгоритми