LaTeX/Hemijska grafika

Izvor: Викикњиге
Idi na navigaciju Idi na pretragu
LaTeX logo.svg

LaTeX

Početak
  1. Uvod100% završen  Dec 13, 2015
  2. Instalacija100% završen  Dec 13, 2015
  3. Instalacija dodatnih paketa 100% završen  Dec 13, 2015
  4. Osnove 100% završen  Dec 13, 2015
  5. Kako pronaći pomoć 100% završen  Dec 13, 2015

Zajednički elementi

  1. Struktura dokumenta 100% završen  Dec 28, 2015
  2. Formatiranje teksta 100% završen  Dec 27, 2015
  3. Formatiranje paragrafa 100% završen  Jan 02, 2016
  4. Boje 100% završen  Jan 10, 2016
  5. Slova100% završen  Jan 10, 2016
  6. Struktura listi 100% završen  Jan 10, 2016
  7. Posebni znakovi 100% završen  Jan 10, 2016
  8. Internacionalizacija 100% završen  Jan 10, 2016
  9. Rotacija 100% završen  Jan 10, 2016
  10. Tabele 100% završen  Jan 10, 2016
  11. Stvaranje naslova 100% završen  Jan 10, 2016
  12. Raspored strane 100% završen  Jan 10, 2016
  13. Uvoz grafike 100% završen  Jan 10, 2016
  14. Figure i natpisi100% završen  Jan 10, 2016
  15. Fusnote i Margine100% završen  Jan 10, 2016
  16. Hiperlinkovi 100% završen  Jan 10, 2016
  17. Oznake i referenciranje100% završen  Jan 10, 2016

Mehanika

  1. Greške i upozorenja 75% završen  Jan 02, 2016
  2. Dužine 100% završen  Jan 02, 2016
  3. Brojači 100% završen  Jan 02, 2016
  4. Kutije 100% završen  Jan 02, 2016
  5. Pravila i nosači 100% završen  Jan 02, 2016

Tehnički tekstovi

  1. Matematika100% završen  Jan 10, 2016
  2. Naprednija matematika 75% završen  Jan 10, 2016
  3. Teoreme
  4. Hemijska grafika 75% završen  Jan 02, 2016
  5. Algoritmi 75% završen  Jan 02, 2016
  6. Listiranje izvornog koda 100% završen  Jan 02, 2016
  7. Lingvistika 75% završen  Jan 02, 2016

Posebne strane

  1. Indeksiranje 75% završen  Jan 02, 2016
  2. Rečnik 75% završen  Jan 02, 2016
  3. Upravljanje bibliografijom‎ 75% završen  Jan 10, 2016
  4. Više bibliografije

Posebni dokumenti

  1. Pisma 50% završen  Jan 02, 2016
  2. Prezentacije 75% završen  Jan 02, 2016
  3. Učiteljski deo 75% završen  Jan 10, 2016
  4. Kratka biografija 50% završen  Jan 02, 2016

Kreiranje grafika

  1. Predstavljanje proceduralnih grafika 100% završen  Jan 02, 2016
  2. MetaPostovi 0% završen  Jan 02, 2016
  3. Slika 50% završen  Jan 02, 2016
  4. PGF/TikZ 25% završen  Jan 02, 2016
  5. PSTricks 50% završen  Jan 02, 2016
  6. Xy-pic 25% završen  Jan 02, 2016
  7. Pravljenje 3D grafika 75% završen  Jan 02, 2016

Programiranje

  1. Makroi 100% završen  Jan 10, 2016
  2. Običan TeH‎ 100% završen  Jan 10, 2016
  3. Kreiranje paketa 100% završen  Jan 10, 2016
  4. Teme 75% završen  Jan 10, 2016

Razno

  1. Modularni Dokumenti 100% završen  Jan 10, 2016
  2. Zajedničko pisanje LaTeX dokumenata 75% završen  Jan 10, 2016
  3. Otpremanje u druge formate 100% završen  Jan 10, 2016

Pomoć i preporuke

  1. Najčešće postavljana pitanja 100% završen  Jan 10, 2016
  2. Saveti i trikovi 75% završen  Jan 10, 2016

Dodaci

  1. Autori 0% završen  Jan 10, 2016
  2. Linkovi 0% završen  Jan 10, 2016
  3. Oznake paketa 0% završen  Jan 10, 2016
  4. Primeri LaTeX dokumenata 0% završen  Jan 10, 2016
  5. Indeks 0% završen  Jan 10, 2016
  6. Rečnik naredbi 0% završen  Jan 10, 2016

chemfig je paket koji se koristi za crtanje 2D hemijskih struktura. On je alternativa paketu ochem. Gde ochem zahteva Perl za crtanje hemijskih struktura, chemfig koristi tikz paket. chemfig se koristi tako što se u preambulu doda sledeće:

\usepackage{chemfig}

Osnovna primena[uredi]

Primarna komanda koja se koristi u ovom paketu je \chemfig{}:

\chemfig{<atom1><bond type>[<angle>,<coeff>,<tikz code>]<atom2>}

<angle> je ugao između dva atoma (ili čvora). Postoje tri tipa uglova: apsolutni, relativni, i određeni. Apsolutni uglovi daju precizne uglove (obično, 0 do 360, mada mogu da budu i negativni),i prikazani su sintaksom [:<absolute angle>]. Relativni uglovi zahtevaju sintaksu [::<relative angle>] i produkuju ugao relativan prethodnoj vezi. Konačno, određeni uglovi su celi brojevi od 0 do 7 tojest intervali od 45 stepeni. Oni se prave pomoću sintakse [< predefined angle>]. Određeni uglovi and i njihovi odgovarajući apsolutni uglovi su prikazani u dijagramu ispod.



\chemfig{(-[:0,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}0)
(-[1]1)(-[:45,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}45)
(-[2]2)(-[:90,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}90)
(-[3]3)(-[:135,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}135)
(-[4]4)(-[:180,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}180)
(-[5]5)(-[:225,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}225)
(-[6]6)(-[:270,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}270)
(-[7]7)(-[:315,1.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}315)
-0}

Chemfig angles.png


<tip veze> opisuje vezu koja drži <atom1> i <atom2>. Postoje 9 različitih tipova veza:


\chemfig{A-B}\\
\chemfig{A=B}\\
\chemfig{A~B}\\
\chemfig{A>B}\\
\chemfig{A<B}\\
\chemfig{A>:B}\\
\chemfig{A<:B}\\
\chemfig{A>|B}\\
\chemfig{A<|B}\\

Chemfig bonds.png


<coeff> pretstavlja faktor za koji će se dužina veze uvećavati .

<tikz code> uključuje dodatne opcije koje se odnose na boju i stil veze.


Molekul metana, na primer, može se napraviti na sledeći način:


\chemfig{C(-[:0]H)(-[:90]H)(-[:180]H)(-[:270]H)}

Methane chemfig.png


Linearni molekuli (kao što je metan) su slab primer ovoga, ali molekuli u chemfig se prave pomoću umrežavanja(nesting).

Skeletni dijagrami[uredi]

Skeletni dijagrami se mogu praviti na sledeći način:


\chemfig{-[:30]-[:-30]-[:30]}

Butane-skeletal.png


\chemfig{-[:30]=[:-30]-[:30]}

Skeletondiagram2.png

Prstenovi[uredi]

Prstenovi se prave pomoću sintakse <atom>*<n>(code), gde "n" predstavlja broj strana u prstenu a "code" predstavlja specifičan sadržaj svakog prstena (veze i atomi).

\chemfig{A*6(-B-C-D-E-F-)}

Ring chemfig.png

\chemfig{A*5(-B-C-D-E-)}

Ring2 chemfig.png

\chemfig{*6(=-=-=-)}

Ring3 chemfig.png

\chemfig{**5(------)}

Ring4 chemfig.png

Luisove strukture[uredi]

Luisove strukture se prave pomoću sintakse \lewis{<n1><n2>...<ni>,<atom>}, gde je <ni> broj između 0 i 7 i predstavlja poziciju elektrona. U osnovnom slučaju, elektroni se predstavljaju (-). Dodavanjem (.) ili (:) posle broja prikazivaće usamljene ili sparene elektrone respektivno.

\lewis{0.2.4.6.,C}

Carbon Lewis Structure PNG.png


luisove strukture možemo ubaciti i u okviru \chemfig{}.


\chemfig{H-[:52.24]\lewis{1:3:,O}-[::-104.48]H}

H2O Lewis Structure PNG.png

Joni[uredi]

Na primer, jon acetata:

\chemfig{-(-[1]O^{-})=[7]O}

Acetate-ion2.png

Iz razloga što chemfig komande koriste math mode, naelektrisanje jona se može dodati koristeći superscripts (jedno upozorenje: negativni jon zahteva da se znak minus piše u zagradama, kao u primeru).

Naelektrisanje jona se može zaokružiti koristeći \oplus i \ominus:

\chemfig{-(-[1]O^{\ominus})=[7]O}

Acetate-ion.png

Alternativno, naelektrisanja se mogu postaviti iznad jona sa \chemabove{}{}:

\chemfig{-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}(=[1]O)-[7]O^{\ominus}}

Ion-example.png

Strukture za rezonanciju i formalno naelekrtisanje[uredi]

Strukture rezonancije zahtevaju nekoliko matematičkih komandi:

% see "Advanced Mathematics" for use of \left and \right
% add to preamble:
%	\usepackage{mathtools}	% \Longleftrightarrow
$\left\{\chemfig{O-N(=[:60]O)-[:300]O}\right\}
\Longleftrightarrow 
\left\{\chemfig{O=N(-[:60]O)-[:300]O}\right\} 
\Longleftrightarrow 
\left\{\chemfig{O-N(-[:60]O)=[:300]O}\right\}$


Hemijske reakcije[uredi]

Komande \chemrel i \chemsign su obrisane iz chemfig paketa u poslednjoj verziji, pa tako za crtanje hemijskih reakcija u prethodnoj verziji, moralo se koristiti prespektivno \arrow i \+ komande u bloku okružene sa \schemestart i \schemestop.

Postoji nekoliko tipova strelica koje se mogu nacrtati sa \arrow komandom:

{{LaTeX/Primer|code= \schemestart A\arrow{->}B\schemestop\par % by default \schemestart A\arrow{-/>}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{<-}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{<->}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{<=>}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{<->>}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{<<->}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{0}B \schemestop\par \schemestart A\arrow{-U>}B \schemestop\par \schemestart A\arrow[,,->] B\arrow[,,-{Triangle[slant=0.5,blue,width=10pt]}] C\arrow[,,-{CF[sharp]}] D \+ E \schemestop |render=Exemples de l'instruction \arrow et \+ du paquet chemfig en \LaTeX}}

Za više informacija o \arrow komandi i hemijskim reakcijama u chemfig uopšte, pogledajte the Part IV "Reaction schemes" na chemfig documentation file.

Starije verzije[uredi]

Hemijske reakcije se mogu napraviti pomoću sledeće komande:

\chemrel[<arg1>][<arg2>]{<arrow code>}
\chemsign+	% produces a +

U \chemrel{}, <arg1> i <arg2> predstavljaju tekst iznad i ispod strelice, respektivno.

Postoje četiri tipa strelica koje se mogu napraviti pomoću \chemrel{}:

A\chemrel{->}B\par 
A\chemrel{<-}B\par 
A\chemrel{<->}B\par 
A\chemrel{<>}B

Imenovanje hemijskih grafika[uredi]

Molekule možemo imenovati sledećom komandom

\chemname[<dim>]{\chemfig{<code of the molecule>}}{<name>}

<dim> se ubacuje između donje strane molekula i gornje strane imena definisanog sa <name>. Ono je u osnovi 1.5ex .

<name> će biti centrirano u zavisnosti od molekula koji opisuje.

\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic acid} 
\chemsign{+} 
\chemname{\chemfig{R’OH}}{Alcohol} 
\chemrel{->} 
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR’)=[:30]O}}{Ester} 
\chemsign{+} 
\chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}

u reakciji iznad, \chemname{} ubacuje 1.5ex plus dubina molekula karboksilne kiseline između svakog molekula, i njihovih respektivnih imena. Ovo se dešava zato što grafik prvog molekula u reakciji (karboksilna kiselina) se proteže dublje nego ostali molekuli. Drugačije rezultate bi dobili kada bi stavili alkohol na prvo mesto:

\chemname{\chemfig{R’OH}}{Alcohol} 
\chemsign{+} 
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic acid} 
\chemrel{->} 
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR’)=[:30]O}}{Ester} 
\chemsign{+} 
\chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}

Ovo se popravlja dodavanjem \chemnameinit{<deepest molecule>} pre prve instance od \chemname{} u reakciji i dodavanjem \chemnameinit{} posle reakcije:

\chemnameinit{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}} 
\chemname{\chemfig{R’OH}}{Alcohol} 
\chemsign{+} 
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic acid} 
\chemrel{->} 
\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR’)=[:30]O}}{Ester} 
\chemsign{+} 
\chemname{\chemfig{H_2O}}{Water} 
\chemnameinit{}

Na kraju, dodavanjem \\ u <name> prouzrokovaće prekid linije, što će omogućiti imenu da se proteže nekoliko linija.

Napredna grafika[uredi]

Za napredne komande i primere, posetite chemfig manual,gde možete pronaći temeljnija i kompletnija objašnjenja .


Paket mhchem[uredi]

mhchem je paket za kucanje hemijskih formula i jednačina. Kao i 2D struktura. Da biste koristili ovaj paket, dodajte sledeće komande u preambuli:

\usepackage[version=3]{mhchem}

Hemijski tipovi se uključuju komandom \ce. Na primer


\ce{3H2O} \\
\ce{1/2H2O} \\
\ce{AgCl2-} \\
\ce{H2_{(aq)}} \\

Nekoliko stvari je već ukucano; 2 in \ce{H2O} automatski je subscript-ovan bez dodatnih komandi . Broj tipova prethodi formuli. 1/2 kao i drugi razlomci su atomatski uneti kao u \ce{1/2H2O}. Naelektrisanje u \ce{AgCl2-} je aotomatski superscript-ovano. Ako naelektrisanje nije 1 ili -1, ^ će ga superscript-ovati , kao u \ce{AgCl2-}. Faza nije automatski superscript-ovana i mora se zatvoriti zagradama i prethoditi sa _ kao u \ce{H2_{(aq)}.

Paket XyMTeX[uredi]

Sledeći kod reprodukuje sliku ispod corticosterone .

\documentclass{letter}
\usepackage{epic,carom}
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\begin{picture}(1000,500)
   \put(0,0){\steroid[d]{3D==O;{{10}}==\lmoiety{H$_{3}$C};{{13}}==\lmoiety{H$_{3}$C};{{11}}==HO}}
   \put(684,606){\sixunitv{}{2D==O;1==OH}{cdef}}
\end{picture}
\end{document}
Corticosterone as rendered by XyMTeX
Prethodno: Teoreme Indeks Sledeće: Algoritmi